为了夺取地球，新的敌人以及神秘的巨大怪物体从宇宙出现了！而由超进化研究所秘密开发的“进化先锋ALFA-X”掌握这一切的关键…！？过着平静生活的隼人等人的进化先锋小队的战斗再次拉开帷幕——！！由于敌人的突袭，隼人的父亲北斗失踪了。而随后出现的是，超越时空而来的“9岁的北斗”！被光之粒子包围穿越时空的“少年北斗”为了保护地球，为了回到原来的世界，决心成为集结最新技术完成的“进化先锋ALFA-X”的驾驶员。与二人的热情一起，从北海道支部·山形支部·大宫支部·名古屋支部·京都支部·门司支部