宇宙世纪0133年，于宇宙巴比伦建国战争终结之后，未再发生重大战乱的和平时代。在木星圈附近有利用疑似钢弹的MS，从事海盗行为的集团出没。在此局势当中，于地球圈成长的少年托比亚·亚罗纳克斯，由于前往木星途中与一名少女的相遇，使他投身于宇宙海盗阵营与木星帝国对战。以《机动战士钢弹F91》十年后的世界为舞台，宇宙海盗十字先锋的大冒险戏码开幕了！