主人公仁小时候在神社里捕捉昆虫时，少女忽然出现，对他温柔一笑随即又消失，这个场景给他留下了非常深的印象。许多年后，由于规划等原因，人们需要将神树砍倒，于是仁取了神树的一部分做了一个树之精灵像。但是不可思议的事情发生了，当年的少女以雕像为基础显现出来，并自称为神。于是两人的同居生活从此开始了。