在北极圈建造了要塞「蛇牙城」的疯狂科学家「兰度博士」向全世界发出宣言，要将整个世界据为己有。为了应对这样的情况，原盖塔队成员之一，同时也是NISER司令官的神隼人召集一文字号、橘翔、大道剀三人组成了新的盖塔队，驾驶新型的盖塔机器人挺身对抗兰度博士的大军。新一代盖塔队与原盖塔队成员们的新故事就此展开！本作是盖塔SAGA系列正统续作，时间轴在《盖塔机器人(初代）》和《真盖塔机器人》之后。