西元二零零一年由于异星起源种「ＢＥＴＡ」的入侵人类已经濒临灭亡的深渊——。自一九六七年初次遭遇以来已有三十余年。面对拥有庞大物量的ＢＥＴＡ，人类无计可施，节节败退。欧亚大陆的95％沦陷，世界人口锐减到仅剩十余亿。面对ＢＥＴＡ的入侵，以人形兵器「战术机」为主干，日本帝国展开了防线，在下一代主力战术机开发难产之际，帝国提出了一个打开局面的计划——「ＸＦＪ计划」。那是以日美两国技术交流体制为基础，用当前的主力战术机「不知火」为蓝本，「不知火?二型」的开发计划——